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木瓜蛋白酶为乳白色至微黄色粉末，具有木瓜特有的气味,稍具有吸湿性。
1、木瓜蛋白酶食品工业：广泛适用于如：鸡、猪、牛、海食品、血制品、大豆、花生等动植物蛋白酶解、肉类嫩化剂、酒类澄清剂、饼干松化剂、面条稳定剂、、酱油酿造及酒类发酵剂等，即可提高食品的营养价值，又可降低成本。
2、饼干行业：降低面团湿筋度、改良面团可塑性及理化性质，同时使蛋白质大分子水解成短肽和氨基酸，从而有利于糖类和氨基类物质进行复杂的美拉德反应，使食品上色快，色泽悦目有油润光鲜感，疏松酥脆容比力大，断面网状结构明显，层次好；裂饼、碎饼率降低，饼形端正饱满不缩身，花纹清晰，饼面光滑；并且可以相应减少10％-25％的焦亚硫酸钠，从而减少SO2等有害物质的残留量，还可以矫正化学添加剂对饼干风味的影响，提高饼干食品的质量。